Шеппард, с трудом добравшись до пульта включения оружия, которое создавали на протяжении всей игры, оказывается в месте его включения, где "Катализатор" (Цитадель является частью его), который выглядит как мальчик из снов, сообщает, что он и есть хозяин жнецов и что они нужны, чтобы "синтетики" не уничтожили в итоге "органиков" и для этого жнецы каждый цикл уничтожают достаточно развитые цивилизации и делают из них жнецов. Игроку предлагается выбор: он может уничтожить всех синтетиков (а кроме жнецов это геты и СУЗИ), он может взять контроль над ними, или может прыгнуть в луч, в результате чего "синтетики" и "органики" объединятся. Но последствием любого выбора будет уничтожение всех ретрансляторов массы. Норманидя с оставшимися членами экипажа оказывается на неизвестной планете.

Почему концовка лично у меня вызвала неприятие:
-"Катализатор" — deus ex machina. Если в первой части еще были какие-то слабые намеки на древность Цитадели и ретрансляторов, то во второй части ничего пободобного нет, поэтому концовка возникает из ниоткуда.
-Проблема для решения которой нужны жнецы мне кажется совершенно бредовой, так же как и средство ее решения.
-Технический момент. Все три концовки реализованы абсолютно одинаково, единственное различие в цвете луча, вылетающего из Цитадели (красный, синий, зеленый). Это, кстати, вызвало множество шуток про золотой луч, который должен быть у новой "идеальной" концовки.
-Вне зависимости от выбора будут уничтожены ретрансляторы, а это значить, что весь собранный флот так и останется у Земли, и вообще говоря это вызовет катастрофу не меньшую, чем уничтожение цивилизаций жнецами. В качестве аналогии представьте, что на всей планете уничтожили весь транспорт и дороги, а новые построить невозможно.
-Завершение истории Призрака — полное копирование истории Сарена, скопировано даже самоубийство.

(неуязвимый шит наёмника Призрака до скриптовой сцены; оплошности 3 проф. солдат, оставляющих за спиной лишь оглушенного противника; любопытство(?) деуса в конце).